Микроконтроллеры AVR

Не занимает генерация времени. 

Речь идет от таймере в "нормальном" нулевом моде, если ему задать порог OCR.

Для шима не самая подходящая мода. Почему нельзя использовать соответствующий режим.

Я как-то всегда считала, что таймер пином дёргает, не занимая процессорного времени, т.е. на аппаратном уровне

Так и есть - всё аппаратно.