В файле *.sdc необходимо описать все клоки и добавить констрейны по входу/выходу. Например: set_output_delay -clock {clk_ext} -min 1.0 [all_outputs] и set_output_delay -clock {clk_ext} -max 2.0 [all_outputs]. Далее, добавить файл *.sdc в проект и сказать Квартусу, чтобы использовал TimeQuest Timing Analyzer during compilation.