видать он включает его не в один модуль, а в несколько. хинт для ТС
добавь такой макрос в файл, который подключай ко всем модулям, допустим globalt.h
#ifdef DEF_EXTERN
#define External
#else
#define External extern
#endif
в main определи DEF_EXTERN
#define DEF_EXTERN
#include <globalt.h>
все глобальные переменные объявляй вот так
External RTC_Date_TypeDef RTC_Date;
тогда они во всех модулях подключаться как
extern RTC_Date_TypeDef RTC_Date;
а в main, как
RTC_Date_TypeDef RTC_Date;