я бы погрешил на анализатор.. попробуйте поверить его - например, если у малины есть контакт от таймера, то настройте его на те же 8МГц и посмотрите стабильность.. для паранойи потыкайтесь в любой кварцевый генератор на схожую частоту.. синхру берете с SPI_CLK или по фронту MOSI?