Из общих соображений надо суммировать все время измерений и делить на количество периодов измеряемой частоты, которые подсчитываются отдельным таймером. Точность будет ограничиваться стабильностью тактовой частоты и временем, которое проходит между входным импульсом и остановкой счетчика времени.