Обычно аппаратные средства работают точнее, чем программные. Да и путь короче - клок, делитель, выход на ногу. А при выполнении инструкций много разных стадий. Впрочем мне не верится, чтобы джиттер мог достигнуть половины такта, там и с четверть такта едва ли неравномерность может быть.