Нужен Atmel-ICE и Command Line Utility из состава Atmel Studio. Попроси кого-нибудь, у кого стоит Atmel Studio, выложить содержимое папки /atbackend/ - там будет утилита atprogram.exe http://www.atmel.com/webdoc/atmelice/atmel-ice.cli.html http://www.atmel.com/webdoc/atmelice/index.html