По мне - тоже. У меня загрузчик и программа - два проекта в одном воркспейсе, просто для проекта самого приложения "действием после сборки" назначен скрипт, который склеивает две прошивки, подставляет контрольную сумму и готовит шифрованный пакет для загрузчика по сети.