Средства и методы разработки

Сомнительная тема: такие вещи должны делаться не то, что через схему, а через некое ТЗ и согласованное со всеми кому нужно. Очень много факторов наобум учесть же невозможно. Кроссбар (появившийся к слову в cygnal'овских x51, где был крайне ограничен) вообще не всё со всем менять позволяет и сам по себе, и переназначения внутри не коснутся электрических характеристик, которые могут быть разные у разных портов. Да и потом те же GPIO и без кроссбара менять можно часто, но не всегда (неудобно для программиста переставлять биты в параллельном порту, например). Для упрощения процесса изначально схему соединений МК можно в экселевской табличке составлять, где сразу обозначить учитываемые свойства и поддерживать табличку по мере внесения изменений.