Такое может быть, если GPIO запрограммирован на ВЫХОД с подтяжкой. Если на выходе лог.0 и установлен PullUp, или если на выходе лог.1 и установлен PullDown, соответственно будет протекать ток около 100мкА. Наблюдал такое у STM32F0xx, у остальных семейств (за исключением STM32F1xx) GPIO устроены аналогично.