Разобрался я с этой хренью... Проблемы с синхронизацией пределителей внешнего триггера и захвата. Оказывается пределители начинают считать еще до включения таймера. Играясь порядком настройки можно добиться нужного режима, но чаще всего получается "состязание фронтов". Отправил я этот метод в топку, все реализовал программно.