Еще раз проверил соответствие установок IAR->Project... в старом и новом проекте. Илентичность файлов "mpu.h" "mpu.с" в старом и новом проекте.
Посмотрел в IAR\...\EXAMPLE\.... "mpu.h" "mpu.с" - точно такие же.
От безыдейности попробовал переключал ST-LINK из режима JTAG в режим SWD и обратно.
Что менял - ковырялся с TIM1 & TIM3.