У меня в загрузчике основной канал - загрузка с usb флэшки. Но дополнительно проверяю и содержимое определенной области внутренней (LPC17) и внешней(32 Мбит) флэш памяти на предмет появления там новой версии. Эти области, естественно, обновляю с помощью основной прошивки по какому угодно интерфейсу.