Начало таки положено. Я выяснил следующее: 1) Плагин для эклипса через bash скрипты просто копирует прошивку на удаленный пк, то есть на нашу плату (debug mode). Со скриптами я сейчас вожусь, адаптирую их для qt creator'а.
2) В режиме secure умеет запускаться только CPU0 (cortex-a), при этом для критической периферии (например RCC) после сброса выставляются биты TZEN (включение TrustZone).
Это означает, что Cortex-M не может сам себе настроить тактовую цепочку)) Либо за него это должен сделать cortex-a, либо cortex-a должен снять биты TZEN.