PPPoE -- это ведь PPP в ethernet фреймах. Ключевое слово -- PPP. Когда сессия начинается, там обе стороны договариваются о параметрах. В том числе о keep alive. Так что может быть действительно установив какие-то опции на своей стороне можно добиться, чтоб они в начале сессии уехали на сторону сервера и там применились. У себя можно как-то наверное включить, чтоб ppp распечатал как согласование сессии происходит (NCP и LCP уровни).