Цепь, по которой подаётся питание на ваш преобразователь, должна
быть заблокирована около источника пульсаций. Около микросхемы ШИМ
должен стоять конденсатор Vin-GND. Вот между выводом GND этого
конденсатора и выводом Lx микросхемы сделать цепочку RC (снаббер).
Нарисовать не получилось, но пока рисовал, понял, что вариант со
снаббером между Vin и Lx может быть не менее эффективным. Отмечу, что контакт GND микросхемы в создании помех не участвует. Ток пульсирует через Vin, Lx и анод диода. Для снижения помех, нужно связать по ВЧ вместе 3 этих точки кратчайшим путём. Между анодом диода и Vin - блокировочный конденсатор входа питания, тут постоянное напряжение. А вот между Vin-Lx и Lx-анод_диода присутствует напряжение с большой переменной составляющей. Поэтому блокировать не конденсаторами, а RC-снабберами. В пределе два снаббера. Какой из них лучше - между Vin и Lx или между Lx и анодом диода - определить экспериментально. Может оказаться так, что, допустим, на малых напряжениях лучше снаббер на диод повесить, а на больших - на ключ Vin-Lx. Я бы пробовал все три варианта, один там, один сям и оба. Но это если есть чем ЭМП замерять.
Можно ещё ферритовые бусины рассмотреть, или такое: http://caxapa.ru/882660/