Я так и не понял, как ты собираешься измерять
батарейку/конденсатор? Через ногу контроллера подсоединяемую
параллельно батарейке/конденсатору? Она просто параллельно
подсоединяется и ничего больше? Она 5V-tolerant или там (внутри МК)
защитный диод на плюс питания контроллера? Какая нога, какой
контроллер? Отключен ли pullup? Что за сигнал +BAT? Есть ли
перемычка JS1? Про два кварца я тоже не понял...