Схемы, платы, компоненты

Тоже не всё понял, но кажется, что преобразователи DC/DC болтают свои вторички через паразитные ёмкости внутренних трансформаторов. Отдельный вопрос через какую паразитную ёмкость или ещё как помеха из платы в плату лезит, но я бы емкостюлечку или RC попробовал между землями плат, или с каждой из них на корпус, если он металический.