Проще втаскивать по одному коммиту и решать конфликты, чем
полностью ручной мерж. Хотя иногда может быть и ручной мерж проще
-- зависит от ситуации. Волшебной программы, чтоб сама всё сделала
-- нет. Иначе бы и код за тебя давно уже программы писали. Диффы
лучше смотрятся в meld или (g)vim (vimdiff). Лучше в meld. Для Vim
есть полезный плагин -- DirDiff.