Кстати, а зачем в прерывании ждать 5мкс? Установите таймер на интервал времени 5мкс. Первый раз по прерыванию включили выход (начался импульс), на второе прерывание (через 5мкс) выключили выход (импульс окончился). Или вообще сам таймер нагрузить этой работой. Используйте режим compare таймера.