Чтобы работать с фазой (например нулевой, т.е. не сдвигать ее), с
этим никаких проблем нет, можно применить FIR (КИХ) фильтр.
Естественно, это требует вычислительных ресурсов. IIR фильтры
сдвигают фазу. Но мы и не знаем где/как топикстартер решает свою
задачу, может быть на PC? Далее, твое возражение упирается в
понимание - где лежит полезный сигнал. В time domain или frequency
domain. Если необходимо иметь дело с "случаями" вообще, например
датчик пошевелили, что-то произошло - то это Frequency Domain и ничего страшного в применении ФНЧ нет, напротив, закономерно откидывать "высокочастотные события" т.е. шумовые.
Грубо говоря, "Пики"-то пропадут, но это пропадут какие не надо "пики". Какие надо останутся.