хитрим! вместо одного толстого файла делаем много, каждый для своей цели. но сразу делаем их большими-большими. и заполняем по мере надобности. то есть в фат-таблицу ничего не пишем. только в тела толстых файлов.
придётся конечно помнить, где мы там остановились, но это уже мелочи.