Софт может перехватить обращение к IO-портам только на уровне биоса
- можно завести SMM-обработчик, но скорость будет не очень. Как выше сказал Евгений, транзакции к IO 80h можно перехватить физически на LPC-шине (если они туда разрешены, это в настройках устройства ISA/LPC-bridge, обычно PCI 00:1F).
На материнках сигналы LPC часто выведены на разъем TPM. На ноутах реже, для отладки используют serial-порт с EC-контроллера.