Ммм... да хотя бы отсутствием echo Подключите адаптер к плате :-) Тем, что на производстве батник - это в каком-то смысле самостоятельная и самодостаточная вещь, никак не связанная с компиляцией.
А при разработке - связанная, прошивать есть смысл только после удачной компиляции и мне лично не хочется сначала жать компиляцию, потом анализировать успешность и жать программирование кристалла - я предпочитаю, чтобы make проверил зависимости и если надо - пересобрал перед прошивкой, а если не пересобралось - то и не зашивать.
Кроме того, при разработке батника может и не быть в явном виде (и в нём нет необходимости) - строка с "макроподстановками" из характеристик проекта, прописанная в меню Tools имеющейся оболочки, цель в makefile с посаженным на горячую клавишу вызовом make program - это ничем не хуже набора батников и несколько гибче.
Поэтому когда говорится именно о батнике - я воспринимаю как отдельно запускающуюся вещь. И это действительно не всегда удобно.