Если wiring по какой то причине не устраивает, то DTR-ом можно
дёрнуть так (проверено): mode COM88 dtr=on >nul
avrdude -p ATmega2560 -c stk500v2 -P COM88 -B 4 -s
mode COM88 dtr=off >nul
Пытался дёрнуть для STK500.exe аналогичным образом - получилось.
mode COM88 dtr=on >nul
stk500.exe -dATmega2560 -cCOM3 -s
mode COM3 dtr=off >nul