Так не надо "мимо пакетного менеджера". Если в
/etc/apt/sources.list.d/ добавить файлик с родным
ВиртуалБокс-овским репозиторием, будет обновляться оттуда. Только
пакет с правильным именем поставить нужно, убунтовский называется
чуть-чуть не так, как ВиртуалБокс-овский.