Для смешивания геномов секвенированее не требуется. Достаточно
заражать разными (но близкими по типу) вирусами одни и те-же клетки
и потом выделять образующиеся вирионы. Среди них кроме исходных
могут появляться и смески. Смески могут отличаться разными
свойствами (размер, форма и структура оболочки). Отфильтровать,
испытать - дело техники и времени.
Это моё личное предвзятое мнение. Любое совпадение с реальностью является случайным и непреднамеренным.