у меня обычно в договорах так: "... программное обеспечение на физическом носителе (USB Flash-Drive, CD/DVD-диск, т.п.), либо переданное средствами электронной коммуникации"
в акте принятия работ по договору (или этапа работ), соответственно написано так же, и подпись заказчика, что он принял.
В договоре, естественно тоже прописано, что "...ответственность по сохранению результата Работ переходит к заказчику при передаче результатов по акту сдачи-приёмке работ."
никогда не возникало никаких вопросов ни от заказчиков, ни от бухгалтерии :))