А как обрабатывать? Лучше всего оптимальным фильтром. Если исходный
сигнал - прямоугольники, то прямоугольники из сигнала фотодетектора
берём - в момент, когда приходит полезный сигнал перемножаем
отсчёты на единицу. За временными рамками полезного сигнала -
перемножаем отсчёты на ноль. Кстати, исключаяя передачу интервалов
между полезными импульсами, можно сэкономить на требовании к
скорости передачи отсчётов с приёмника на ПК. Дальше, имея столбики, определяем начало и конец большого импульса, огибающую которого ищем. Затем пытаемся натянуть на них аппроксимацию, дающую минимальную среднеквадратичную ошибку по вершинам с одной стороны, и имеющую заданное ограничение спектра с другой. При мощи современных ПК, это можно сделать даже численными методами. Таким образом будет с пользой использована форма верхушек импульсов, если вдруг она несёт полезную информацию.

Импульсы с фотодетектора своими врешинами повторяют огибающую? Если да, то как написано тут выше - лучший вариант, что я могу себе вообразить.