Альтиум на мой взгляд отличается от подобного рода систем одной
особенностью: в основе технологии база данных. Это позволяет много
всего интересного. В том числе и уже на готовом проекте выделить
все пады с любыми отверстиями и по F11 в свойствах выделенной
группы сделать всем свой размер отверстия. например 0,5 мм. Потом
сформировать гербера или что там у вас и откатить на шаг назад все.