Запись в регистр сравнения референсного значения - 16-битная (т.е.
медленная, в два приёма), и ещё возможно ошибаюсь, но мне кажется,
что вся периферия АЦП завязана на тактовую систему АЦП (по крайней
мере я бы так поступил наверное (было бы легче реализовать
аппаратуру). Так что вариант действительно "так себе", но за пытливый ум шаловливые ручки - респект :)) касательно аппаратной реализации, - можно посмотреть ещё на систему событий (АЦП-компаратор умеет работать и с ней), и там, в отличие от прерывания - мгновенное реагирование (т.к. реализовано внутренней аппартной логикой), но я детально с ней никогда не работал. Вроде штука интересная, но как-то ни к чему было :)