а где здесь про то что CPU тактируется от F[ftg] ? ведь нет ничего страшного от того что ядро пашет на одном клоке, а флэшь контроллер на другом.. я думаю происходит все так :
при записи байта/слова во флэшь, контроллер подсовывает MCU команду JMP PC, пока контроллер flash не отработает свою программу, после чего разблокирует выполнение по реальным адресам. MCU при этом тактируется от своего любимого MCLK. Вот если б клок MCU переключался на ftg то думаю "странного поведения f2011" мы бы не наблюдали потому как MCLK не влиял бы на процесс (если не считать возможный глюк в момент перехода тактирования).