Не STM32 но TM4C: горе-смехотехник нарисовал мне светодиоды на
отладочном интерфейсе. (Кстати именно после этого случая я стал
требовать валидацию схемы программистом). В общем сейчас это
сделано таким образом: JTAG отключается, когда фирмварь уже успешно
стартовала, если во время включения была нажата кнопка - девайс
уходит в бутлоадер, JTAG используется по назначению. Была отдельная тема, что интерфейс отладочный можно разблокировать командой по http, но не помню, осталось сейчас это в девайсе или нет. Так или иначе, это влияет, будут ли четыре лампочки гореть у девайса или нет, на ход машины сильно не влияет