Во-первых, могли перестраховаться и продублировать оба способа
синхронизации (на усмотрение производителя). Во-вторых, было желание сэкономить на PLL, а дешевых приемников LVDS с автоматом bitslip у Xilinx'а в то время ещё не было.
В-третьих, кодировка 8b10b позволяет избавиться от постоянки, а монитор и системный блок обычно запитаны от разных источников питания сети 220 Вольт.
И это чревато осложнениями. Поэтому развязка по DC с помощью керамических конденсаторов не кажется излишней.
Как-то так.. :)