Скорее всего связано с синхронизацией асинхронного (для ШИМ-модуля)
управляющего сигнала. Вы не уточнили подробностей, имён сигналов и
управляющих бит, чтобы попробовать вникнуть. Мне, например,
непонятно, что вы имели ввиду под синхронизацией автоколебательного
режима? Может, вам просто повезло, и запуск из прерывания попадает в середину окна синхронизации, таким образом, что джиттер выполнения инструкций относительно тактового сигнала модуля ШИМ не приводит к перескоку между тактами управления ШИМ.
Поиск по корню "sync" дал такую строку: "The source selected by the SOCS[3:0] bits MUST operate from the same clock source as the local PWM Generator. If not, the source must be routed through the PCI Sync logic so the trigger signal may be synchronized to the PWM Generator clock domain."
Я бы заглянул в регистр управления "входами программируемого управления" (PCI) PWM GENERATOR PCI REGISTER LOW и глянул бы бит PSYNC.