штатная схемотехника пультов ДУ прекрасно работает на расстояниях
не менее 5 метров (причём не "прямо в глаз", а отражённо, от стен,
потолков, мебелей и прочего) для ИК с длиной волны 940нм почти все
поверхности - зеркало. И уж 2-3 метра полного пути до крыши авто и обратно уж всяко "пробьёт", да и можно на паре-тройке ОУ сварганить предусилители, на порядок более чувствительные, чем приёмники ИК, хотя, надо сказать интегральные приёмники ИК стандартных ДУ, весьма непросты внутри и чуйка у них, в общем вполне себе :)
а отражение от соседних пар легко дифференцируются, т.к. работа оптопар асинхронна (короткими посылочками, раз в несколько секунд), да и передавать каждая оптопара будет свой серийник.
Не вижу вообще проблем.
Часто одни из самых простых решений незаслуженно отбрасываются (недавно один из заказчиков, на полном серьёзе, для контроля предметов на конвейере, для контроля наличия деталей на ленте, даже не для счёта :), предлагал применять видеокамеры с алгоритмами искусственного интелекта, а задача легко решается банальнам фотобарьером на просвет или отражение :))