Так вам же (как альтернативу) нужно было, чтобы программа
игнорировала "замыкание". Электрически какбызамыкание будет явно
указано как свойство компонента и пинов два разных (RefDef разные у
них). Что еще не так? Про Альтиум сразу сказал, что не знаю.