Может для такого случая 4-проводный RS485 подойдет? Передаваемые и
принимаемые данные по разным парам идут и мешать друг другу не
будут. А на примере терминала можно вылавливать какие-нибудь
специфичные "ESC-последовательности" которые будут переводить его
(точнее ее - программу терминала) из режима данных в командный
режим. Как в модемах.