Выход прямо с IO это грусть, но для начала надо кабель в экране
взять, экран на общий пустить. Всю эту входную область позаливал бы
земелькой тоже. Резисторы 330 Ом я бы увеличил до 1-2 кОм. Во все
цепи от имеющихся выводов разъёма вставил бы BLM18 с номиналом 222
(102+). Если вывод для экрана добавите, то туда BLM не нужно.
Насчет смещения не смотрел, но BAV99 стОит заменить на BAV199.
Насчет Шоттки на входе - вааще грусть - лучше убрать, а то
измеряете непонятно что. ESD-защиту в виде малотекущих сапрессоров в первую очередь лучше добавить на выводы питания (а ещё можно "расщепить" резисторы 2 кОм и туда подключить). 3V3_PROT нужно делать на стабилитронах со смещением, а то на миниммальных токах напряжение пробоя заметно уменьшается. И ещё это дело надо шунтировать несколькими конденсаторами разных номиналов - например, 6.8 пФ, 100 пФ, 1000 пФ с размещением по пути возможного воздействия в таком же порядке