Схемы, платы, компоненты

да, как правильно написали уже - пихать длинные линии прямо в порты - грусть-печаль :((( крайне желательны буферные ОУ. Конечно диодные вилки на шоттках на всех линиях, торчащих наружу и обязательно у каждой вилки индивидуальную пару ёмкостей 1nF+0.047..0.1uF в параллель, земляной полигон под ними и максимально коротким путём, через VIA ёмкости связать с землёй. ограничительные резисторы и ДО и ПОСЛЕ диодной вилки суммарно примерно на 1К, и ёмкость 

в несколько десятков пик прямо с ноги МК на земляной полигон под ним, если позволяется так заваливать фронты.

Ключ к успеху - хорошая низкоимпедансная "земля" и грамотный отвод импульсных помех на землю (помехи будут лезть по всем линиям, без исключения, включая питание и землю) надо локализовать протекание токов помех ТОЛЬКО НА Ground-plane платы шунтированием IO линий, цепей питания. Очень важно обеспечить низкий импеданс и цепей питания, особенно в районе диодных вилок (именно для этого индивидуальные ёмкости на каждую вилку). В идеале, с т.зр помех, плата должна быть как бы в ЭМ "коконе", ну, т.е. помеха должна "обходить" его "по внешним цепям" ("питания" и "земли", а точнее "земли", т.к. по ВЧ "земля и питание" это д.б. одно и тоже) не попадая в схему, примерно, как молния, ударившая в самолёт, растекается по обшивке, не повреждая внутреннее оборудование.

Делал как-то с таким подходом пром-контроллеры (для работы на литьевом пластиковом производстве, где просто куча статики (пневмотранспорт пластиковой крошки в литьевые машины, к примеру). А так же контроллеры в электрощиты. Проблем не было ни со статикой, ни с кондуктивными пром-помехами , генерируемымим коммутационной аппаратурой.

А вообще, конечно это крайний случай. Всегда, когда можно предпочитаю опторазвязки для выведения линий МК "во вне", особенно в промоборуждовании. И даже тогда лучше делать RC и диодные вилки/супрессоры, особенно при большой проходной ёмкости оптопары.

касательно имеющейся платы - нужно смотреть топологию, скорее всего нужна перетрассировка (нужно серьёзно посмотреть, как разведена "земля" и питание), тем более, что по схемотехнике есть недочёты, на мой взгляд, как я уже писал не на всех линиях диодные вилки, нет достаточного количества блокировочных ёмкостей, нужно добавить после вилок R и С на входа МК.

Если нужно как-то реанимировать имеющуюся плату и протащить её через сертификацию, то BAV99 в диодных вилках, замените на BAV54S (зачем у вас там 99-е, если есть 54-е), добавьте блокирующие ёмкости с питания на землю на все диодные вилки, если есть возможность, то поставьте вилки и на верхней линии "P", и на нижней "N" (почему они у Вас без защиты?? при "длинной" импульсной помехе там будет +1..1,5В над питанием (двойное падение на диодах)), по возможности, поставьте дополнительные блокировки по питанию (1..10nF в параллель имеющимся, надеюсь, 0,1..1uF) , врежьте, если возможно в дорожки дополнительные R (хотя бы 100-200 ом) и поставьте дополнительные C прямо на ноги МК. Сделайте толстыми проводами bypass цепи "земли" между блокировочными ёмкостями на IO по периметру платы, а лучше положите под плату лист фольгированного текстолита, соединённого с "землёй", на который следайте короткими проводами отводы от земляных точек схемы.

Выглядеть всё это может монструозно. и совсем неэстетично, но если прибор в корпусе, то может и сгодиться

P.S. Как говорил один мой наставник в молодости "RC победит всё!!" :))