если частота генерируется таймером и не получается делителями и
таймер-компараторами, значит некорректна работа с таймером. Либо он
останавливается во время чтения значений, либо некорректно
формируется сам сигнал (формирование сигнала идёт аппаратно по
CompareMatch или принудительным "ногодрыгом" ? (что само по себе не
очень корректно)) если всё через жопу "вругопашную", до добавлением "nop"-ов куда надо, можно сделать любые периоды :))