Наверное стоит уменьшить мощность выходного сигнала генератора.
Может микроконтроллеру не нужен такой большой уровень тактовой на
вход? Тогда лучше придушить выход генератора аттенюатором и через
20-100пФ подавать на вход МК. Еще некоторые генераторы не любят
работать без нагрузки и выход приходится нагружать резистором.
П-аттенюатор решает сразу обе проблемы.