Потому, что так проще. Если нужен входной фильтр, то между ним и вентилятором нужна хотя бы небольшая камера. Если вентилятор приточный, то придется выгораживать часть объема внутри корпуса или добавлять снаружи. С вытяжным вентилятором развязаны руки относитольно формы и количества воздухозаборов. Можно, например, сделать "адресное" охлаждение в нужных местах, как это делают в блоках питания.
mATX_Thermal_Design.pdfЕсли говорить про компьютеры, то есть немного устаревшие, но все равно полезные интеловские рекомендации по охлаждению.