Непонятно, что там искать. Во всех инструкциях есть. Например, батник прошивки через ATMELICE для ATXMEGA64:
"c:\Atmel\Studio\7.0\atbackend\atprogram.exe" -t atmelice -i PDI -d ATXmega64A3U program -fs -f fuses.hex
if ERRORLEVEL 1 GOTO ERR
"c:\Atmel\Studio\7.0\atbackend\atprogram.exe" -t atmelice -i PDI -d ATXmega64A3U program -c --verify -fl -f cam43.hex
if ERRORLEVEL 1 GOTO ERR
"c:\Atmel\Studio\7.0\atbackend\atprogram.exe" -t atmelice -i PDI -d ATXmega64A3U program -e --verify --format hex -ee -f cam43.eep
if ERRORLEVEL 1 GOTO ERR
"c:\Atmel\Studio\7.0\atbackend\atprogram.exe" -t atmelice -i PDI -d ATXmega64A3U program -lb -f lock.hex
if ERRORLEVEL 1 GOTO ERR
exit
ERR:
pause
fuses.hex и lock.hex можно прочитать из процессора, прошитого через гуй:
"c:\Atmel\Studio\7.0\atbackend\atprogram.exe" -t atmelice -i PDI -d ATXmega64A3U read -fs -f fuses.hex
"c:\Atmel\Studio\7.0\atbackend\atprogram.exe" -t atmelice -i PDI -d ATXmega64A3U read -lb -f lock.hex
В зависимости от процессора, вместо PDI м.б. ISP, UPDI, TPI и др.