Сначала фотографировалось, потом рисовалась векторная картинка по фотографии. Ошибки были, уровня 1e-3 - до десятка ошибок на всю матрицу, из них 90 процентов выловилось повторным проходом визуального контроля. А даль ше вектор был импортирован в PCAD как геребер и получена топология в редакторе PCB, потом нарисована схема c использованием средств обратной аннотации, а потом написан генератор Верилога для матрицы из файла схемы. То есть - ошибка в матрице возможна только если вектор по фотографии был нарисован неправильно - или человеческая ошибка или дефект фото. Но фотографии на самом деле две - и немногие мало-мальски сомнительные места проверялись по двум снимкам. Ну и потом уже пошли тестбенчи и factory tests и был найден последний пропущенный транзистор. А потом эта матрица была полностью проанализирована (и тулза написана интересная, с SIMD инструкциями для анализа) и разобрана ее работа, написан и выложен документ как идет исполнение всех имеющихся команд PDP-11 в данном процессоре. То есть, белых пятен не осталось - система замкнулась. И люди написали ДВК для FPGA и вполне успешно грузят RT-11 и пользуют результаты реверса в реале.
Ну, ошибки, конечно, все еще возможны, но вероятность очень уж маленькая, модель даже повторяет новонайденные ошибки в исходном процессоре.