Есть вариант использования WDT, тактируемого от SLCK. Если при переходе на Main Clock окажется, что внешний генератор не работает, то WDT через известный период времени вернет микроконтроллер в исходное состояние. После каждого ресета можно смотреть, что являлось причиной ресета.