Ну дык capture для ограбления и предназначена. Можешь запускать ее от аналогового компаратора, а по ее прерыванию писать в compare награбленное плюс нужное смещение - вместо сброса таймера Чисто железные синхронизации/сбросы есть в 44-ногом dsPIC30F2023, но там еррата на 20 страниц, как ты сам знаешь