Если JTAG нет, то для отладки я бы выбрал такой путь. 1. установил перемычки в "USB Boot" и далее их не трогаю
2. создал бинарник с моей программой; бинарник создаётся совершенно обычным образом и не отличается от любого другого бинарника, созданного другими средами или для других камней
3. через NuWriter перенёс мой бинарник в DDR2 и запустил его на исполнение
4. исправил ошибки, сделал новый бинарник, рестартанул плату, повторил п.3
U-Boot нахрен не нужен. NOR SPI Flash я бы задействовал, когда отладил программу.