Косяк ессно был мой. Но если кому интересны грабли, "сделанные своими руками"... при ините периферии был задан режим SPI "01: 4-Wire Slave or Multi-Master Mode (Default). NSS is always an input to the device"
В соответствии с этим была сделана разводка платы. А в прерываниях, сбрасывая флаги записывал
SPI0CN = 0x01
т.е. менялся режим на "00: 3-Wire Slave or 3-wire Master Mode. NSS signal is not routed to a port pin"
В результате всё части проги функционируют исправно (и даже SPI работал как надо!), окромя УАРТ1, т.к. ноги УАРТ1 выводились на соседние пины. Для исправления глюка оказалось достаточным сделать более коректную запись сброса флагов
SPI0CN &= 0x0F
