Kpoк (17.07.2022 13:46, просмотров: 228) ответил Kceния на Там расположена всего лишь ... одна матрица размером 100000х100000
элементов, заполненная данными из GenBank'а. Именно для ее
аллокации и нужна столь большая память. Число 100000 равно числу
белков, выбранных их этого банка. Из этой матрицы надо вычислить 3
ее старших собственных вектора. Только и всего. :)-
- Число типа double (float64). Само это число имеет смысл меры
подобия между пространственными структурами любой пары белкой из
ГенБанка. Рассчитывается сложным способом и допускает вариации, но
в вычислительном отношении не трудно (рассчитается за 5 минут).
Затем эта мера подобия трактуется как расстояние (полное
подобие/совпадение = нулевое расстояние, при неполном расстояние
растет). Получаем на том же месте матрицу расстояний, которую
преобразуем в матрицу координат Kceния(426 знак., 18.07.2022 13:16)
- Идеальная задача для видеокарт! - Kpoк(18.07.2022 16:10)
- Полагаю, что ни у одной видеокарты нет памяти объемом 64ГБ. К тому
же GPU хороши для распараллеливаемых или параллельных задач, а для
моно-задачи от нее мало проку. - Kceния(19.07.2022 18:02)
- До сегодняшнего дня был уверен, что задача о собственных векторах очень легко распараллеливается. Но это было ещё во времена ЕС-ЭВМ, мог и перепутать. Пойду, полистаю классиков марксизма. - Kpoк(19.07.2022 18:33)
- вот чуть ниже я давал ссылку на "видеокарту" со 128GB. но вообще, если хотите к современном мире получить ускорение расчётов - ищите возможность распараллелить ваш алгоритм. иначе никак. минимум десяток лет 90% подъёма производительности в мире ПК идёт в виде распараллеливания. Mahagam(185 знак., 19.07.2022 18:06)
- Редкая
птица долетитвидюха имеет 75 гигов рамы - LightElf(18.07.2022 18:54)- один хрен имеет Mahagam(1 знак., 18.07.2022 21:41, ссылка)
- Полагаю, что ни у одной видеокарты нет памяти объемом 64ГБ. К тому
же GPU хороши для распараллеливаемых или параллельных задач, а для
моно-задачи от нее мало проку. - Kceния(19.07.2022 18:02)
- Идеальная задача для видеокарт! - Kpoк(18.07.2022 16:10)
- Число типа double (float64). Само это число имеет смысл меры
подобия между пространственными структурами любой пары белкой из
ГенБанка. Рассчитывается сложным способом и допускает вариации, но
в вычислительном отношении не трудно (рассчитается за 5 минут).
Затем эта мера подобия трактуется как расстояние (полное
подобие/совпадение = нулевое расстояние, при неполном расстояние
растет). Получаем на том же месте матрицу расстояний, которую
преобразуем в матрицу координат Kceния(426 знак., 18.07.2022 13:16)